Pelaksanaan pendampingan masyarakat desa dilaksanakan oleh tiga tingkatan pemerintahan, yaitu:
Pendampingan didukung oleh Tenaga Pendamping Profesional, Kader Pemberdayaan Masyarakat Desa (KPMD), dan pihak ketiga, yang bekerja terintegrasi dan berkoordinasi. Koordinasi pendampingan pada tingkat kecamatan dilakukan oleh camat dengan bantuan pejabat fungsional bidang pemberdayaan masyarakat desa.
Metode pelaksanaan pendampingan meliputi asistensi, pengorganisasian, pengarahan, serta fasilitasi desa. Pendampingan diarahkan agar desa mampu mengelola seluruh proses pembangunan desa yang meliputi pendataan desa, perencanaan, pelaksanaan, pengawasan, serta pengembangan BUM Desa dan kerja sama antar desa.
Pengelolaan pendamping desa dilakukan terstruktur, dengan tahapan sebagai berikut:
Jenis tenaga pendamping profesional terdiri dari beberapa jenjang, yaitu: pendamping lokal desa, pendamping desa, pendamping teknis, serta tenaga ahli pemberdayaan masyarakat di tingkat kabupaten/kota, provinsi, dan pusat, dengan tugas dan fungsi yang disesuaikan.
Pendamping lokal desa bertugas langsung mendampingi desa pada sektor pemerintahan desa, pembangunan desa berskala lokal, BUM Desa, dan aktivasi kelembagaan masyarakat. Pendamping desa bekerja di kecamatan dengan area yang lebih luas dan bertugas mengoordinasikan pendampingan di beberapa desa, mempercepat administrasi dana desa, sosialisasi kebijakan SDGs desa, serta mentoring pendamping lokal desa.
Pendamping teknis fokus pada pendampingan pelaksanaan program sektoral desa pada tingkat kecamatan. Sedangkan tenaga ahli pemberdayaan masyarakat bekerja di tingkat kabupaten/kota, provinsi, dan pusat dengan peran pendampingan strategis, pengendalian, supervisi, sosialisasi kebijakan, advokasi, mentoring, serta pelaporan program pendampingan.